督察组始终坚持系统观念，坚持严的基调，坚持问题导向，坚持精准、科学、依法督察。重点督察省级党委政府贯彻落实习近平生态文明思想和党中央、国务院生态环境保护决策部署情况；省级有关部门生态环境保护责任落实和担当作为情况，地市级党委政府生态环境保护工作推进落实情况。重点督察中央企业贯彻落实习近平生态文明思想和党中央、国务院生态环境保护决策部署情况，履行生态环境保护主体责任情况，执行国家生态环境保护法律法规、政策措施、规划标准情况。
在督察中，重点关注习近平总书记有关生态环境保护重要指示批示件的办理情况；贯彻党的十九届五中全会精神，立足新发展阶段，贯彻新发展理念，构建新发展格局，推动高质量发展情况；长江经济带发展、粤港澳大湾区建设、黄河流域生态保护和高质量发展等重大国家战略生态环境保护要求贯彻落实情况；碳达峰、碳中和研究部署，严格控制“两高”（高耗能、高排放）项目盲目上马，以及去产能“回头看”落实情况。
对地方，还要重点关注重大生态破坏、环境污染、生态环境风险及处理情况；督察发现问题整改落实情况；人民群众反映突出的生态环境问题立行立改情况；生态环境保护思想认识、责任落实等党政同责、一岗双责落实情况等。对中央企业，还要重点关注中央生态环境保护督察，以及其他重要督查检查发现问题和中央媒体曝光问题的整改落实情况；生态环境保护管理、环境守法和落实生态环境社会责任情况；生态环境保护长效机制建设运行情况等。
督察组严肃纪律规矩，增强“四个意识”、坚定“四个自信”、做到“两个维护”，坚持以人民为中心，认真贯彻落实《中央生态环境保护督察工作规定》要求。进驻期间，各督察组分别设立联系电话和邮政信箱，受理被督察对象生态环境保护方面的来信来电举报。